№ 1 УДК 517.15 СТРУКТУРА ФЕРМЕНТ-СУБСТРАТНОГО КОМПЛЕКСА КАТАЛИТИЧЕСКОГО ДОМЕНА ФОСФОДИЭСТЕРАЗ С ЦИКЛИЧЕСКИМ ДИГУАНОЗИНМОНОФОСФАТОМ Б.Л. <...> Григоренко, А.В. Немухин, М.Г. Хренова, Д.А. Новичкова (кафедра физической химии; e-mail: wasabiko13@gmail.com) По результатам расчетов комбинированным методом квантовой и молекулярной механики (КМ/ММ) построена полноатомная трехмерная структура фермент-субстратного комплекса каталитического домена фосфодиэстераз с циклическим дигуанозинмонофосфатом. <...> Реакции гидролиза, приводящие к преобразованию циклических форм гуанозинмонофосфата (ц-ГМФ) и дигуанозинмонофосфата (ц-ди-ГМФ) в соответствующие нециклические формы ГМФ и ди-ГМФ, осуществляются ферментами семейства фосфодиэстераз, регулирующих концентрацию вторичных посредников ц-ГМФ и ц-ди-ГМФ при передачах сигналов в клетках. <...> Механизмы химических реакций в активных центрах фосфодиэстераз являются предметом текущих исследований, причем на сегодняшний день основные предположения сформулированы по результатам рентгеноструктурного анализа соответствующих белков [1–4]. <...> В настоящей работе применяются современные приемы молекулярного моделирования на основе метода квантовой механики/молекулярной механики (КМ/ММ) [5] для построения полноатомной трехмерной структуры фермент-субстратного комплекса каталитического домена (EAL-домена) фосфодиэстераз с ц-ди-ГМФ. <...> Знание этой структуры позволяет предсказать направления отдельных стадий реакции гидролиза ц-ди-ГМФ в белковой матрице. <...> Следуя выводам недавней работы [4], мы выделили две кристаллографические структуры EAL домена, относящиеся к фосфодиэстеразам с высокой ферментативной активностью, доступные в базе данных белковых структур (PDB), а именно, PDBid:3GG0 [1] и PDBid:3N3T [2]. <...> EAL домен содержит два иона металла в активном центре; известно, что каталитической активностью обладают белки с ионами магния или марганца. <...> В структуре PDBid:3GG0 координаты ионов металла отнесены к марганцу <...>