Национальный цифровой ресурс Руконт - межотраслевая электронная библиотека (ЭБС) на базе технологии Контекстум (всего произведений: 634938)
Контекстум
Руконтекст антиплагиат система
Вопросы вирусологии  / №2 2017

ОБНАРУЖЕНИЕ И МОЛЕКУЛЯРНАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РЕАССОРТАНТНЫХ DS-1-ПОДОБНЫХ G1P[8]-ШТАММОВ РОТАВИРУСА ГРУППЫ А (250,00 руб.)

0   0
Первый авторМорозова
АвторыСашина Т.А., Новикова Н.А.
Страниц6
ID594140
АннотацияВ работе дана молекулярная характеристика впервые обнаруженных на территории России реассортантных DS-1-подобных G1P[8]-штаммов ротавируса группы А (РВА), которые ранее были обнаружены в Японии и Таиланде. РВА G1P[8]-генотипа с DS-1-подобным “коротким” профилем РНК-ПААГ были идентифицированы у детей, госпитализированных с гастроэнтеритом в сезон 2013–2014 гг., когда их доля составила 2,6%. Филогенетический анализ был проведен на основе установленных нуклеотидных последовательностей 4 генов (VP7, VP8* (VP4), VP6 и NSP4). Нижегородские штаммы несли аллели G1-I и G1-II гена VP7, P[8]-3 гена VP4. По гену VP6 2 нижегородских образца кластеризовались с реассортантными штаммами, изолированными на территории Японии, Таиланда и Австралии, и 2 образца, филогенетически близкие к типичным G2P[4] DS-1-подобным штаммам. По гену NSP4 реассортантные G1P[8]-штаммы кластеризовались отдельно от G3P[8] DS-1-подобных штаммов РВА, изолированных в Австралии и Таиланде. Все исследованные штаммы по анализируемым генам кластеризовались отдельно от вакцинных штаммов Rotarix и RotaTeq. На основе проведенного филогенетического анализа сделан вывод о полифилетическом происхождении реассортантных штаммов. Скорость мутаций, оцененная на основе байесовского подхода в кластерах, включающих реассортантные штаммы, составила 1.004Е-3 (VP7), 1.227E-3 (VP4), 3.909E-4 (VP6), 4.014Е-4 (NSP4). Анализ tMRCA показал относительную современность аллелей реассортантов: VP7 – 1998 (G1-I) и 1981 (G1-II), VP4 – 1998, VP6 – 1994, NSP4 – 1979.
УДК578.823.91:578.5].083.2:577.21.08
Морозова, О.В. ОБНАРУЖЕНИЕ И МОЛЕКУЛЯРНАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РЕАССОРТАНТНЫХ DS-1-ПОДОБНЫХ G1P[8]-ШТАММОВ РОТАВИРУСА ГРУППЫ А / О.В. Морозова, Т.А. Сашина, Н.А. Новикова // Вопросы вирусологии .— 2017 .— №2 .— С. 47-52 .— URL: https://rucont.ru/efd/594140 (дата обращения: 02.05.2024)

Предпросмотр (выдержки из произведения)

1, 2 ОБНаРУжЕНИЕ И МОЛЕкУЛЯРНаЯ ХаРакТЕРИСТИка РЕаССОРТаНТНЫХ DS-1-ПОДОБНЫХ G1P[8]-ШТаММОВ РОТаВИРУСа ГРУППЫ а 1ФБУН «Нижегородский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. академика И.Н. Блохиной» Роспотребнадзора, 603950, г. Нижний Новгород; 2 ФГБОУ «Нижегородский государственный университет им. <...> Н.И. Лобачевского», 603950, г. Нижний Новгород в работе дана молекулярная характеристика впервые обнаруженных на территории России реассортантных Ds-1-подобных g1P[8]-штаммов ротавируса группы А (РвА), которые ранее были обнаружены в японии и Таиланде. <...> РвА g1P[8]-генотипа с Ds-1-подобным “коротким” профилем РнК-ПААг были идентифицированы у детей, госпитализированных с гастроэнтеритом в сезон 2013–2014 гг., когда их доля составила 2,6%. <...> Филогенетический анализ был проведен на основе установленных нуклеотидных последовательностей 4 генов (VP7, VP8* (VP4), VP6 и NSP4). нижегородские штаммы несли аллели g1-i и g1-ii гена VP7, P[8]-3 гена VP4. <...> По гену VP6 2 нижегородских образца кластеризовались с реассортантными штаммами, изолированными на территории японии, Таиланда и Австралии, и 2 образца, филогенетически близкие к типичным g2P[4] Ds-1-подобным штаммам. <...> По гену NSP4 реассортантные g1P[8]-штаммы кластеризовались отдельно от g3P[8] Ds-1-подобных штаммов РвА, изолированных в Австралии и Таиланде. все исследованные штаммы по анализируемым генам кластеризовались отдельно от вакцинных штаммов rotarix и rotaTeq. на основе проведенного филогенетического анализа сделан вывод о полифилетическом происхождении реассортантных штаммов. <...> К л ю ч е в ы е с л о в а: ротавирус; реассортант; филогенетический анализ; байесовский анализ. <...> 1,2 DeTecTiOn anD MOlecUlar characTeriZaTiOn OF reassOrTanT Ds-1-liKe g1P [8] sTrains OF rOTaVirUs a 1 I.N. <...> Blokhina Nizhny Novgorod Research Institute of Epidemiology and Microbiology, Nizhny Novgorod, 603950, Russian Federation; 2 Lobachevsky State University of Nizhny Novgorod, Nizhny Novgorod, 603950, Russian Federation group a rotaviruses (rVa) are the main cause of viral gastroenteritis in children worldwide. in <...>