34 МЕТОДЫ УДК 577.323 РЕЛАКСАЦИЯ СТРУКТУРЫ НУКЛЕОСОМЫ ПРИ ОТВОРАЧИВАНИИ ДНК: ИССЛЕДОВАНИЕ МЕТОДОМ МОЛЕКУЛЯРНОЙ ДИНАМИКИ Г.А. <...> Армеев, К.В. Шайтан, А.К. Шайтан* Кафедра биоинженерии, биологический факультет, Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова; Россия, 119234, г. Москва, Ленинские горы, д. <...> 12 * e-mail: alex@molsim.org В работе рассматриваются эффекты локальной релаксации структуры нуклеосомы при отворачивании концов ДНК от октамера гистонов. <...> Исследуется влияние распределения зарядов в гистонах на кинетику реассоциации ДНК к нуклеосоме. <...> Показано, что ионное окружение быстро стабилизируется во время моделирования релаксации системы методом молекулярной динамики. <...> В случае короткой релаксации, происходит быстрое необратимое восстановление структуры, похожей на кристаллическую. <...> В случае более длительной релаксации, восстановления не происходит, несмотря на отсутствие видимых различий в ионном окружении ДНК. <...> Показано изменение квадрупольного момента системы во время релаксации. <...> Упаковка хроматина в малые объемы клеточного ядра затруднительна в связи с относительно большой длиной персистентности ДНК (около 50 нм) и значительным отрицательными зарядом молекулы. <...> Тем не менее, ядра клеток успешно вмещают в себя всю ДНК, сохраняя доступ к ней для ферментов транскрипции и репликации. <...> Известно, что базовым повторяющимся фрагментом упаковки хроматина являются нуклеосомы, открытые Р. Корнбергом <...> Нуклеосома представляет собой комп лекс ДНК с белками-гистонами и содержит 145–157 п.н. <...> Нуклеосомная ДНК образует плоскую суперспираль, обвивая гистоновый октамер 1,7 раза. <...> Нуклеосомы разделены друг от друга линкерной ДНК и встречаются приблизительно каждые 200 п.н. <...> Несмотря на то, что на данный момент методом рентгеноструктурного анализа расшифровано более 100 различных структур нуклеосом, вопросы их сборки и динамики остаются открытыми. <...> Помимо зарядов на ДНК, гистоны содержат на поверхности множество <...>