32 МЕТОДЫ УДК 577.212.3 ФУТПРИНТИНГ ФЛУОРЕСЦЕНТНО-МЕЧЕНОЙ ДНК С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ГИДРОКСИЛЬНЫХ РАДИКАЛОВ Н.С. <...> Студитский1,2,* 1 Кафедра биоинженерии, биологический факультет, Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова; Россия, 119234, г. Москва, Ленинские горы, д. <...> 333 *e-mail: vasily.studitsky@fccc.edu Футпринтинг является одним из наиболее простых и точных методов исследования укладки и взаимодействия биополимеров. <...> Он основан на том, что места внутри- и межмолекулярных контактов оказываются недоступными для внешнего разрушающего воздействия. <...> При проведении эксперимента на один из концов полимера вносится метка, затем проба инкубируется с повреждающим реактивом. <...> По распределению длины продуктов расщепления делаются выводы о доступности его участков в тех или иных условиях. <...> При футпринтинге ДНК применяются различные ферментативные и химические разрезающие агенты. <...> На сегодняшний день наиболее высокое временное и пространственное разрешение без выраженной специфичности по отношению к последовательности нуклеотидов можно получить при использовании гидроксильных радикалов. <...> В работе предлагается новый вариант этого экспериментального подхода с применением флуоресцентного мечения исследуемой ДНК и современных методов последующего количественного анализа, который позволит заметно расширить его возможности. <...> Для изучения ДНК-белковых взаимодействий разработаны различные биохимические подходы. <...> Связанные белки защищают участки дуплекса от эндонуклеаз и химических реагентов, поэтому вероятность внесения разрывов в сахарофосфатный остов в местах взаимодействия оказывается ниже, чем в свободных участках. <...> По распределению длины восстанавливают пространственную картину укладки и взаимодействия ДНК [1]. <...> Для получения достоверных данных необходимо, чтобы в среднем в каждую молекулу полимера вносилось не более одного разрыва. <...> Этот фермент позволяет проводить хорошо воспроизводимые эксперименты <...>