№ 1 УДК 517.15 МОДЕЛИРОВАНИЕ ГИДРОЛИЗА ЦИКЛИЧЕСКОГО ДИМЕРНОГО ГУАНОЗИНМОНОФОСФАТА ФОСФОДИЭСТЕРАЗАМИ Б.Л. <...> Григоренко, М.А. Князева, И.В. Поляков, А.В. Немухин (кафедра физической химии; e-mail: bell_grig@yahoo.com) Методом квантовой и молекулярной механики (КМ/ММ) рассчитаны и проанализированы структуры интермедиатов реакции ферментативного гидролиза циклического димерного гуанозинмонофосфата. <...> По результатам моделирования предложены возможные механизмы превращений в активном центре каталитических доменов фосфодиэстераз. <...> Механизмы химических превращений в активных центрах ферментов фосфодиэстераз, регулирующих концентрацию циклических форм мономерного (c-GMP) и димерного (c-di-GMP) гуанозинмонофосфата, к настоящему времени не являются установленными. <...> Катализируемые ферментами реакции гидролиза c-GMP и c-di-GMP приводят к раскрытию циклических форм молекул субстратов с разрывом связи фосфор–кислород, но детали этих преобразований остаются спорными. <...> Обычно основная роль отводится двухзарядным катионам металлов (Mg, Mn, Zn), присутствующим в активных центрах в виде гомо- или гетеродимеров. <...> Предполагается, что каталитическая молекула воды, идентифицируемая в кристаллографических структурах ферментов, активируется металлическим центром и ближайшими заряженными аминокислотными остатками, что приводит к генерации активного гидроксил-аниона OH–, который в свою очередь осуществляет нуклеофильную атаку на атом фосфора субстрата [1–4]. <...> В настоящей работе мы анализируем возможные механизмы реакции гидролиза c-di-GMP фосфодиэстеразами с каталитическим EAL-доменом (названным по признаку консервативной триады аминокислот Glu, Ala, Leu). <...> 1 показано расположение субстрата в активном центре EAL-домена белка BlrP1 из организма Klebsiella pneumoniae. <...> Использованы согласованные данные, представленные в кристаллографической структуре PDB ID 3GG0 [1], а также полученные ранее [5] по расчетам методом квантовой и молекулярной механики (КМ/ММ). <...> Фрагмент <...>