№ 1 УДК 577.112; 577.18 СТРУКТУРА G-КВАДРУПЛЕКСНОГО ДНК-АПТАМЕРА К ТРОМБИНУ RA36 А.В. Юминова, И.Г. Смирнова, А.М. Арутюнян, А.М. Копылов, А.В. Головин, Г.В. Павлова (кафедра химии природных соединений; sig@genebee.msu.ru) Изучена структура 31-звенного аптамерного олигонуклеотида (RA36), более эффективно ингибирующего коагулянтную активность тромбина по сравнению с широкоизвестным аптамером 15TGT (Thrombin binding aptamer). <...> Аптамер RA36 имеет двухмодульную структуру, в состав которой входят две G-богатых области, способные формировать квадруплекс. <...> Методом кругового дихроизма показано, что аптамер RA36 формирует G-квадруплекс, аналогичный G-квадруплексу 15ТGT. <...> При физиологических условиях (концентрация стабилизирующего катиона 5 мМ) температура плавления G-квадруплексов RA36 значительно ниже, чем 15TGT. <...> Спектры КД делеционных мутантов этого олигонуклеотида подтверждают двухмодульное строение RA36, т.е. образование G-квадруплекса в структуре аптамера RA36 как первым, так и вторым G-богатым участком. <...> Список сокращений: КД – круговой дихроизм, ПААГ – полиакриламидный гель, 15ТGT – 15-звенный олигонуклеотид, связывающий тромбин; RA36 – 31-звенный олигонуклеотид, связывающий тромбин; РСА – рентгеноструктурный анализ, НК – нуклеиновая кислота. <...> Способность однотяжевых НК копироваться, а также формировать сложные третичные структуры определила возникновение новой технологии SELEX (Systematic Evolution of Ligands by Exponential enrichment) [1–5]. <...> C помощью метода SELEX отбирают небольшие молекулы НК – аптамеры, которые по специфичности и аффинности являются функциональными аналогами антител. <...> Тромбин – многофункциональная сериновая протеиназа, участвующая в коагулянтном каскаде крови, первая протеиназа, для которой были получены аптамерные ингибиторы [6–8]. <...> С помощью ЯМР-спектроскопии и РСА было показано, что связывающий тромбин 15-звенный аптамер dGGTTGGTGTGGTTGG (15TBA) образует G-квадруплекс [7–10]. <...> Восемь гуанинов образуют два плоских G-квартета с тремя петлями: петля TGT и две симметричные петли <...>