ПОИСК И ФУНКЦИОНАЛЬНЫЙ АНАЛИЗ ГЕНЕТИЧЕСКИХ ВАРИАНТОВ В САЙТАХ СВЯЗЫВАНИЯ микроРНК С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ МАССОВОГО ПАРАЛЛЕЛЬНОГО РЕПОРТЕРНОГО АНАЛИЗА (680,00 руб.)

Первый автор	Рыкова
Авторы	Ершов Н.И., Дегтярева А.О., Брызгалов Л.О., Лушникова Е.Л.
Страниц	5

ID	870784
Аннотация	Проведён масштабный поиск генетических вариантов, обнаруживших различную представленность аллелей в транскриптомных данных ( АЕ SNPs) , в сайтах связывания микроРНК в 3’- НТО, а также оценка их функциональной значимости с использованием массового параллельного репортерного анализа ( MPRA) . Из 629 559 ассоциированных пар " SNP—ген" ( eQTLs) , найденных в ткани печени человека по данным консорциума GTEx Analysis v8, были выбраны 4394 полиморфные позиции в 3’- НТО генов, являющиеся eQTLs для этих же генов. Для поиска потенциальных сайтов связывания микроРНК использовали алгоритм TargetScanHuman 7. 0 и ресурс PolymiRTS. Из предсказанных сайтов микроРНК, затрагиваемых eQTL- SNPs, был выбран 51 сайт с наилучшим свидетельством функциональности по экспериментальным данным Ago2- CLIP- seq, CLEAR- CLIP, eCLIP- seq для РНК- связывающих белков. Для анализа методом MPRA создана библиотека плазмид, содержащих для каждого AE SNРs основной и альтернативный аллели ( 102 конструкции) . Трансфекция клеточной линии HepG2 полученной библиотекой плазмид и секвенирование целевых последовательностей ДНК и РНК на платформе Illumina ( MiSeq) выявили асимметричную экспрессию для 6 SNРs.

ПОИСК И ФУНКЦИОНАЛЬНЫЙ АНАЛИЗ ГЕНЕТИЧЕСКИХ ВАРИАНТОВ В САЙТАХ СВЯЗЫВАНИЯ микроРНК С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ МАССОВОГО ПАРАЛЛЕЛЬНОГО РЕПОРТЕРНОГО АНАЛИЗА / Е.Ю. Рыкова [и др.] // Бюллетень экспериментальной биологии и медицины .— 2023 .— №11 .— С. 611-615 .— URL: https://rucont.ru/efd/870784 (дата обращения: 07.05.2024)