№ 5 УДК 539.199 ОСОБЕННОСТИ РАСЧЕТОВ ПРОФИЛЕЙ СВОБОДНОЙ ЭНЕРГИИ ФЕРМЕНТАТИВНЫХ РЕАКЦИЙ: ГИДРОЛИЗ ГУАНОЗИНТРИФОСФАТА БЕЛКОВЫМ КОМПЛЕКСОМ Ras-GAP В.А. <...> Миронов*, Л.А. Лычко, М.Г. Хренова (кафедра физической химии; *e-mail: vmironov@lcc.chem.msu.ru) Обсуждены способы статистической обработки результатов расчетов методом зонтичной выборки профилей свободной энергии для реакций ферментативного катализа на примере гидролиза гуанозинтрифосфата белковым комплексом Ras-GAP. <...> Традиционным подходом для теоретической оценки энергетических барьеров является расчет профиля минимальной энергии реакции. <...> Многие биологические системы обладают чрезвычайно большим числом степеней свободы; при этом реагентам, продуктам и переходным состояниям соответствует множество близких по энергии стационарных точек, что затрудняет проведение теоретического исследования. <...> Одним из способов решения данной проблемы является расчет свободной энергии реакции, учитывающий плотность состояний исследуемой системы, например свободной энергии Гельмгольца. <...> Для получения приемлемой точности этот подход требует трудоемких молекулярно-динамических (МД) расчетов с использованием квантово-механических потенциалов. <...> Для методов расчета свободной энергии с использованием МД точность расчета коррелирует с количеством набранных статистических данных (значения длины молекулярно-динамической траектории). <...> В настоящее время для столь больших систем, как белковые макромолекулы, при использовании квантово-механических потенциалов время моделирования редко превышает несколько десятков пикосекунд. <...> В данной работе проведен анализ влияния длины выбираемой траектории, а также метода статистической обработки данных на получаемые результаты для профилей свободной энергии. <...> Для исследования выбрана реакция гидролиза гуанозинтрифосфата (ГТФ) белковым комплексом RasGAP. <...> Выбор обусловлен не только биологической важностью данной реакции, но также и тем <...>