Научно-технический журнал УДК 575.112:004 П.П. СИЛАЕВ О МЕТОДАХ СБОРКИ ГЕНОМНОЙ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ НА ГРАФИЧЕСКОМ УСКОРИТЕЛЕ В данной статье рассматриваются различные подходы к сборке геномной последовательности. <...> В частности, приводится алгоритм сборки ДНК с использованием графа Де Брюйна и способы его распараллеливания на векторном графическом ускорителе. <...> С применением векторных вычислителей графических процессоров персональных компьютеров молекулярная биология получает новый виток развития. <...> СБОРКА ГЕНОМНОЙ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ Процесс секвенирования геномной последовательности в целом можно разделить на следующие этапы: 1) планирование эксперимента; 2) сбор и подготовка образцов ДНК; 3) секвенирование; 4) предварительная обработка; 5) сборка геномной последовательности; 6) анализ результатов после сборки. <...> Современные технологии вычислений на графических процессорах персональных компьютеров могут заметно проявить себя на этапе сборки геномной последовательности. <...> Входные данные для сборки формируются на этапе секвенирования. <...> На выходе образуется множество ридов R, представленных в цифровом виде. <...> Задача дальнейшей сборки ДНК сводится к выстраиванию всего множества ридов в единую последовательность D, которая повторяет структуру исходной ДНК. <...> Отдельно взятый рид получается в результате среза ДНК определенной длины в случайном месте последовательности. <...> Для повышения точности определения нуклеотидной последовательности повышают уровень покрытия, за счет избыточности данных секвенирования большого множества идентичных копий ДНК (рис. <...> Рисунок 1 – Процесс сборки геномной последовательности ридов: Основываясь на методе секвенирования De novo можно выявить следующие свойства 1. <...> Один рид r R представляет собой последовательность символов s A, где A = {‘A’, ‘T’, ‘C’, ‘G’} – четырехбуквенный алфавит с мощностью , каждая буква которого ставится в соответствии с одним из четырех азотитистых <...>