3 МЕТОДЫ УДК 577.323 КОНФОРМАЦИОННАЯ ПОДВИЖНОСТЬ НУКЛЕОСОМЫ: ИССЛЕДОВАНИЕ МЕТОДОМ МОЛЕКУЛЯРНОЙ ДИНАМИКИ Г.А. <...> Армеев, К.В. Шайтан, А.К. Шайтан (кафедра биоинженерии; e-mail: alex@molsim.org) Исследование принципов работы хроматина — одна из краеугольных задач молекулярной биологии, связанная с пониманием процессов эпигенетической регуляции экспрессии генов, репарации ДНК, механизмов наследственности. <...> Элементарной единицей организации хроматина является нуклеосома — комплекс ДНК и белков гистонов. <...> Структура нуклеосомы, полученная методами рентгеновской кристаллографии, некоторое время рассматривалась как конечное основное конформационное состояние нуклеосомы, однако все больше экспериментальных данных указывают на то, что конформационный полиморфизм и динамика нуклеосом непосредственно влияют на функционирование хроматина. <...> Тем не менее отсутствует детальное понимание конформационной динамики нуклеосом на атомистическом уровне. <...> Произведен ковариационный анализ траектории молекулярной динамики системы с последующим исследованием обнаруженных коллективных движений. <...> Изучено распределение молекул воды в системе, предполагается роль внутринуклеосомальной воды. <...> Генетическая информация, закодированная в виде последовательности нуклеотидов в линейной молекуле ДНК, суммарная длина которой в развернутом состоянии может достигать нескольких метров, размещается в эукариотических клетках в весьма ограниченной области пространства — ядре клетки, размеры которого не превышают 10 мкм. <...> На первом этапе компактизации ДНК наибольшее значение играет взаимодействие ДНК с белками-гистонами и формирование нуклеосом. <...> Понимание структуры и организации взаимодействий в нуклеосомах является важным этапом на пути изучения структуры и динамики хроматина. <...> При описании структуры хроматина принято использовать следующие термины: ядро нуклеосомной частицы (nucleosome core particle) — комплекс из восьми гистонов <...>