1·2014
Квартальный
научно-теоретический журнал
Основан в январе 1983 г.
РЕДАКЦИОННАЯ КОЛЛЕГИЯ:
Главный редактор С. В. КОСТРОВ
Зам. главного редактора Ю. М. РОМАНОВА
Ответственный секретарь Т. С. ИЛЬИНА
В. И. АГОЛ, А. Д. АЛЬТШТЕЙН, А. П. АНИСИМОВ, В. А. ГВОЗДЕВ,
В. Н. ГЕРШАНОВИЧ, А.Л. ГИНЦБУРГ, В. В. ДЕМКИН, Н. В. КАВЕРИН,
Е. Д. КУЗНЕЦОВА (научный редактор), С. А. ЛИМБОРСКАЯ, С. А. ЛУКЬЯНОВ,
Н. Ф. МЯСОЕДОВ, С. В. НЕТЕСОВ, Е. Д. СВЕРДЛОВ, Г. Б. СМИРНОВ,
Н. И. СМИРНОВА, В. З. ТАРАНТУЛ
РЕДАКЦИОННЫЙ СОВЕТ:
А. М. БОРОНИН (Пущино-на-Оке), В. И. ВОТЯКОВ (Минск),
А. А. ПРОЗОРОВ (Москва), Ю. К. ФОМИЧЕВ (Минск),
С. В. ШЕСТАКОВ (Москва)
Журнал утвержден в Перечне ведущих научных журналов и изданий, выпускаемых в Российской
Федерации, в которых должны быть опубликованы основные научные результаты диссертаций
на соискание ученой степени доктора наук (Бюллетень ВАК)
Журнал полностью переводится на английский язык в США издательством ALLERTON PRESS, INC.
МОСКВА «ИЗДАТЕЛЬСТВО "МЕДИЦИНА"»
Стр.1
СОДЕРжАНИЕ
ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНЫЕ СТАТЬИ
Филатова Е.В., Алиева А.Х., Шадрина М.И., Шульская М.В.,
Федотова Е.Ю., Иллариошкин С.Н., Лимборская С.А.,
Сломинский П.А. Анализ мутаций у пациентов с предполагаемой
аутосомно-доминантной формой болезни Паркинсона
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Тюрин Ю.А., Шамсутдинов А.Ф., Фассахов Р.С. Изучение
полиморфизма однонуклеотидных фрагментов aur гена металлзависимой
протеазы штаммов Staphylococcus aureus,
выделенных с кожи больных атопическим дерматитом ...
Тимофеев В.С., Кудрявцева Т.Ю., Мокриевич А.Н., Павлов
В.М., Дятлов И.А. Молекулярное типирование штаммов
Francisella tularensis методом мультилокусного анализа вариабельности
числа тандемных повторов . . . . . . . . . . . . . .
Лахин А.В., Тарантул В.З., Генинг Л.В. Индуцированный марганцем
некорректный синтез ДНК как возможная причина
манганизма . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Смирнова Н.И., Агафонов Д.А., Щелканова Е.Ю., Заднова
С.П., Черкасов А.В., Кутырев В.В. Геноварианты возбудителя
холеры Эль Тор: получение, молекулярно-генетический
и протеомный анализ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Субботина Е.Л., Локтев В.Б. Молекулярная эволюция вируса
Западного Нила ....................................
КРАТКОЕ СООбщЕНИЕ
Zhibin Sun, Yan Huang, Yanzhuo Wang, Yuguo Zhao, Zhongli
Cui. Potassium Hydroxide-Ethylene Diamine Tetraacetic Acid
Method for the Rapid Preparation of Small-scale PCR template
DNA from Actinobacteria .............................
38
CONTENTS
ExpErimEntal Works
3
5
8
15
21
31
Filatova E. V., Alieva A. Kh., Shadrina M. I., Shulskaya M. V.,
Fedotova E. Y., Illarioshkin S. N., Limborska S. A., and
Slominsky P. A. Analysis of Mutations in Patients with
Suspected Autosomal Dominant Form of the Parkinson
Disease
Tuyrin Y. A., Shamsutdinov A. F., and Fassahov R. S. A Study
of the Single Nucleotide Polymorphism Fragments of the
aur Gene Metalloprotease Strains of Staphylococcus aureus
Isolated from the Skin of Patients with Atopic Dermatitis
Timofeev V. S., Kudryavtseva T. Y., Mokrievich A. N., Pavlov
V. M., and Dyatlov I. A. Francisella tularensis Strains
Мolecular Typing Using the Multiple-Locus VariableNumber
Tandem Repeat Analysis
Lakhin A. V., Tarantul V. Z., and Gening L. V. The Manganese-Induced
Infidelity of the DNA Synthesis as a Possible
Cause of Manganism
Smirnova N. I., Agafonov D. A., Shchelkanova E. Yu., Zadnova
S. P., Cherkasov A. V., and Kutyrev V. V. Genovariants
of the Cholera Agent Biovar El Tor: Construction,
Molecular-Genetic, and Proteomic Analysis
Subbotina E. L. and Loktev V. B. Molecular Evolution of the
West Nile Virus
short CommuniCation
Zhibin Sun, Yan Huang, Yanzhuo Wang, Yuguo Zhao, and
Zhongli Cui. Potassium Hydroxide-Ethylene Diamine Tetraacetic
Acid Method for the Rapid Preparation of Smallscale
PCR Template DNA from Actinobacteria
Адрес редакции:
Москва, 107140
ул. Верхняя Красносельская, д. 17А, стр. 1 Б
ОАО «Издательство "Медицина"»
Редакция журнала "Молекулярная генетика, микробиология и вирусология"
Тел. редакции: (499) 264-36-66
e-mail: molgenetika@yandex.ru
Зав. редакцией И. Х. Измайлова
ОТДЕЛ РЕКЛАМЫ
Тел./факс 8-499-264-00-90
E-mail: oao-meditsina@mail.ru
Ответственность
за достоверность информации,
содержащейся в рекламных
материалах, несут
рекламодатели.
Редактор Е. И. Константинова
Художественный редактор
А. В. Минаичев
Корректор А. В. Малахова
Переводчик С. К. Чаморовский
Все пpава защищены. Ни одна часть этого
издания не может быть занесена в память
компьютеpа либо воспpоизведена любым
способом без пpедваpительного письменного
pазpешения издателя.
Сдано в набор 18.11.13
Подписано в печать 23.12.13
Формат 60 Ч 88⅛.
Печать офсетная. Печ. л. 5,00.
Усл.-печ. л. 4,90. Уч.-изд. л. 5,50.
Заказ 19.
Подписной тираж номера 180 экз.
ЛР №010215 от 29.04.97 г.
E-mail: meditsina@mtu-net.ru
www.medlit.ru
Отпечатано в типографии ООО "Подольская
Периодика",
142110, г. Подольск, ул. Кирова, 15
© ОАО «Издательство "Медицина"», 2014
2
Стр.2
ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНЫЕ СТАТЬИ
© КОЛЛЕКТИВ АВТОРОВ, 2014
УДК 616.858-092-612.6.05]:577.21.08
Е.В. Филатова 1
С.Н. Иллариошкин 2
, А.Х. Алиева 1
, М.И. Шадрина 1
, С.А. Лимборская 1
, М.В. Шульская 1
, П.А. Сломинский 1
1Институт молекулярной генетики Российской академии наук, 123182 Москва, Россия. 2
Российской академии медицинских наук, 125367, Москва, Россия
Болезнь Паркинсона (БП) – тяжелое неврологическое заболевание
человека, в патогенез которого вовлечены различные генетические
системы и факторы внешней среды. Однако, несмотря на
активные исследования этого заболевания, причины его остаются
до конца не выясненными и по-прежнему не определен точный
спектр всех генов и мутаций, принимающих участие в патогенезе
наследственной формы БП. Настоящая работа посвящена анализу
мутаций, приводящих к развитию моногенных форм БП, у пациентов
с предполагаемой аутосомно-доминантной формой БП с помощью
множественной лигазной полимеразной реакции (МЛПР).
Выявлены мутации (G2019S в LRRK2, гетерозиготные делеции 2
и 3, 3 и 4 экзонов и гетерозиготная дупликация экзонов 2-4 гена
PARK2, делеция экзона 3 в гене PARK7), приводящие к развитию
БП, только у 7 (18,4%) человек из 70, что говорит о необходимости
дальнейшего поиска новых мутаций, например, с помощью
методов экзомного секвенирования. В дальнейшем это поможет
разработать молекулярно-генетические тесты для ранней доклинической
диагностики и определения риска развития БП и лучше
понять причины и механизмы развития этого заболевания.
Ключевые слова: болезнь Паркинсона; мутации; множественная
лигазная полимеразная реакция
Болезнь Паркинсона (БП) – тяжелую неврологическую
патологию, являющуюся одним из наиболее
распространенных нейродегенеративных заболеваний
человека, в настоящее время относят к мультифакториальным
заболеваниям, в патогенез которых вовлечены
различные генетические системы и факторы внешней
среды. В основе неуклонно прогрессирующего течения
БП лежит гибель дофаминергических нейронов компактной
части черной субстанции головного мозга, однако
истинные причины развития БП в настоящее время
остаются до конца невыясненными [1]. В настоящее
время считают, что для большинства больных характерно
спорадическое развитие заболевания, и только в
10–15% случаев оно наследуется по моногенному аутосомному
типу. На данный момент в 7 генах моногенных
форм БП (SNCA, PARK2, LRRK2, PARK7, PINK1, UCHL1,
ATP13A2) обнаружено около двух сотен различных мутаций,
приводящих к развитию заболевания [2, 3]. Однако
даже такое большое количество выявленных мутаций
не способно объяснить все случаи наследственных
и тем более спорадических форм БП. По-прежнему
остается открытым вопрос о том, какой вклад вносят
в патогенез спорадической формы БП гены семейных
форм заболевания и другие генетические факторы.
Настоящая работа посвящена анализу мутаций,
приводящих к развитию моногенных форм БП, у пациентов
с предполагаемой аутосомно-доминантной формой
БП с помощью множественной лигазной полимеразной
реакции (МЛПР). Данная работа в дальнейшем
позволит разработать методы отбора пациентов для
более детального и эффективного (но дорогостоящего)
3
, Е.Ю. Федотова 2
,
АНАЛИз МУТАЦИЙ У ПАЦИЕНТОВ С ПРЕДПОЛАГАЕМОЙ АУТОСОМНОДОМИНАНТНОЙ
фОРМОЙ бОЛЕзНИ ПАРКИНСОНА
Научный центр неврологии
поиска и анализа новых мутаций и генов – экзомного
секвенирования. Это позволит уточнить спектр генетических
причин развития семейных форм БП в российской
популяции, а также выявить ранее неизвестные
мутации, приводящие к формированию аутосомнодоминантной
формы БП. Дальнейший анализ мутаций
в генах, вовлеченных в патогенез БП, позволит разработать
молекулярно-генетические тесты для ранней
доклинической диагностики и определения риска развития
БП, а кроме того, лучше понять причины и механизмы
развития этого заболевания.
Материалы и методы
торых на основании семейного анамнеза диагностировали БП с
высокой вероятностью аутосомно-доминантного типа наследования.
Все пациенты с БП были русскими по происхождению из
Москвы. Пациенты были отобраны и исследованы по международной
унифицированной оценочной шкале БП (Unified Parkinson’s
Disease Rating Scale – UPDRS) и шкале Хен и Яра (Hoehn and
Yahr scores) [4, 5] в Научном центре неврологии Российской академии
медицинских наук (Москва). Средний возраст пациентов
составил 53,2±6,8 (47–60) года, среднее значение ± стандартное
отклонение (диапазон), соотношение по полу: мужчины/ женщины
16/22. Все образцы крови были взяты с информированного согласия
исследуемых лиц. Настоящее исследование было одобрено
Этическим комитетом Научного центра неврологии Российской
академии медицинских наук (Москва).
Выделение геномной ДНК из лейкоцитов проводили с использованием
набора AxyPrepBlood Genomic DNA Miniprep
Kit («Axygen», США) согласно рекомендациям производителя.
Концентрацию выделенных нуклеиновых кислот измеряли с помощью
набора Quant-iT RNA BR Assay Kit и флуориметра Qubit
(«Invitrogen», США) согласно рекомендациям производителя.
Подготовку образцов ДНК пациентов с БП для проведения
фрагментного анализа проводили методом МЛПР с использованием
наборов зондов P051-50 (lot C2-0911) и P052-50 (lot C10809)
для диагностики БП и набора реагентов EK1-FAM для
МЛПР SALSA MLPA («MRC-Holland b.v.», Нидерланды) согласно
рекомендациям производителя.
Капиллярный электрофорез проводили на приборе ABI-Prism
3100 («Applied Biosystems», США) с использованием капилляра
длиной 36 см и полимера РОР-4 согласно рекомендациям производителя.
В качестве маркера был использован размерный стандарт
GeneScan™
полученных пиков с информацией о них в наборе праймеров и
зондов на мутации и полиморфизмы, а также фрагментный анализ
проводили с использованием программного обеспечения
Coffalyser.Net («MRC-Holland”, Нидерланды).
Ре зульт аты и обсуждение
В ходе работы у 7 (18,4%) пациентов были найдены
различные мутации, приводящие к развитию
моногенных форм БП.
В 3 (8%) случаях обнаружена точковая мутация
G2019S в гене дардарина LRRK2 (что подтверждает раПервичную
обработку полученных данных, сопоставление
– 600 LIZ®
Size Standard («Applied Biosystems», США).
В настоящей работе было исследовано 70 пробандов, у ко
Стр.3