Рассматриваются оценка и анализ процесса внедрения продуктовых инноваций на малых предприятиях. Раскрываются сущность продуктовых инноваций и их специфика в социально значимых секторах экономики, принципы и критерии, определяющие систему показателей их оценки. На основе сравнительного анализа существующих методов и методик оценки эффективности инноваций разработана методика интегральной оценки эффективности инноваций в фармацевтическом секторе с учетом их социальной значимости. Показано использование ее результатов в стратегическом управлении предприятиями. На этой основе проведено моделирование процесса управления инновационной деятельностью на малом промышленном предприятии.